Około V w. p.n.e.
reputacja wyroczni, uważanej dotąd za bezstronną, zaczęła podupadać. Jej interpretatorzy w coraz większym stopniu poddawali się wpływom różnych miast–państw, takich jak Ateny czy Sparta. W II w. p.n.e. Rzym rozciągnął swe panowanie aż po Delfy i wpływy wyroczni zbladły jeszcze bardziej. Kiedy w 360 roku cesarz Julian Apostata zasięgnął jej rady, usłyszał odpowiedź: ?Powiedzcie królowi, że przepiękna świątynia legła w gruzach, Apollo nie ma dachu nad głową, liście wawrzynu milczą, a prorocze źródła i fontanny wyschły”.
Wyrocznia w Delfach została oficjalnie zamknięta przez chrześcijańskiego cesarza Teodozjusza I Wielkiego w 385 roku. Nowa religia wyparła kult Apollina. Miejsce, gdzie działała wyrocznia, stopniowo niknęło pod ziemią, aż w końcu wybudowano ponad nim wioskę. Jednakże w 1892 roku zburzono ją, a mieszkańców przesiedlono gdzie indziej, po czym Théophile Homolle, francuski archeolog, rozpoczął w tym rejonie wykopaliska, odsłaniając cenne ruiny, które można oglądać do dzisiaj.